弁理士です。
「不正の目的」があるか否かが一つのポイントとなります。商標であれ、ドメインであれ、先に取得した人の権利が普通は保護されます。でないと、権利が不安定でしかたありません。
ある程度有名(具体的には、その名前を全国的に、地域ブランドならその地域の人、業界の内容ならその業界の人間がほとんど知ってるってレベルです)なものであれば保護されることもありますが、他の商標やドメインを奪い取れるかといえば、そこまでは難しいと思います。
商標絡みは裁判において事例がかなり参酌されますので、一概に○○だとは言い切れませんが、一般論として、後から登録された商標によりドメインが奪われるという事例は、元々その商標がドメインの登録前に有名である場合と考えて下さい。ドメイン登録がその商標が使われる以前であれば、不正の目的があったとは言えないからです。
なお、例えば、後から取られた商標が、世界的に有名になってしまった場合等例外もありますが、通常そこまで想定されることはないでしょう。
普通はお互い「有名」になるまでに
商標・ドメインだけでなく広告などをしょっちゅう目にするようになりますので、
何らかのフラグが立ちますよね。
つまり、とある農林水産系の組織がapple.jpとかのドメインをもっていて、
iPodをつくってるappleというコンピュータ会社がしょっちゅうCMを打ってるのに
全く気づかず放置したら、
「あとからできた会社のほうが今では世界的に有名ですよ、譲りなさい」って
いわれちゃうこともあるよ、という程度です(たとえばなしであり、実際そんな事例があるわけではないですが、個人的にはあり得るとおもいます)。
そこまでいくまえに2社で棲み分け協議などがきちんとできていれば
裁判官の判断まではいらないのです。
世の中(CMで物事を判断するような、善意の第三者)からみて、
まちがえにくくならないように、商標分野では裁判官なども全員苦労してるとおもいます。
http://www.jpo.go.jp/seido/s_shouhyou/chizai07.htm
http://www.tm106.jp/syouhyou.htm#3
安い特許事務所であれば10万円以下で取れます。
ちなみに、発明協会等で相談して自力で申請した場合には、3万円前後で可能ですが、自力申請は結構勉強する必要があります。
(申請の設備は発明協会で貸してもらえます)
http://www.hirameki.jiii.or.jp/images_common/tebiki.pdf#search='発明協会 出願端末'
http://www.ip-adr.gr.jp/
の「JPドメイン名紛争処理」を読め
ゆすり乗っ取りはできない仕掛けになっている