数式エディタを現在は使ってませんので、使用フォントの詳細がわかりませんが、私がIllustratorを使っていて文字化けが起きた場合から考えると下記の原因があるでしょう。
まずは、□枠となったところを選択し、文字パレットでどのような文字が割り当てられているか確かめて下さい。
1.Illustratorでのフォント指定が、コピペする文字フォントとコードが一致してない場合。
Symbolは全角表示ができないと思いますので、コピペ文字が全角フォントだった。
数式エディタで指定している文字コードが、Illustratorで扱う文字では外字領域など何も文字割り当てされてない場所だった。
2.Wordの一般的な文書からのコピーペーストでも、ーと( が、空白となる場合
Illustratorで使用するフォントのライブラリにインストールの失敗等でフォントデータがない。
フォントの使用停止をしているのに、フォントリストに反映されていない。
ちなみに、IllustratorのCS3を使ってますが、文字のコピーペーストで文字化けが起きやすいので
通常使用は、Illustrator10.03です。
Macintoshを使ってますので、Winodwsでのフォントトラブル原因は良くわかりません。
一番良いのは、下記のフォーラムで探すか、質問をして見るとよいでしょう。
Adobe Forums
http://forums.adobe.com/community/international_forums/japanese/...
1.数式エディタ側での利用フォントを調べて下さい。
・それが通常のワード文書の見える文字と同じフォントかどうか
・外字領域を使ってないか
2.Illustrator側では文字コードで比較してください
・Illustrator側ですと、コピペ時の設定フォントになると思いますので、空白も同じフォント名になります。
・そのフォントの文字コードを見ると、恐らく空白領域だと思います。
・表示されている同種文字とされていない文字の文字コードが違っているはずです。
*Macを使ってますが、文書のやりとりで、文字化けや空白文字化はどうしても起きます。
OSの違いとIllustratorのバージョンや文書作成ソフトの違いで避けられないです。