2番目の回答者さんに補足となりますが、下位変換するときに eps、ai、pdfの形式でそれぞれ出してもらって検証すると良いと思います。
また、epsでしたら最悪、photoshopでラスタデータに変換し、配置画像としてIllustrator上の新規ファイルにのせて、変更部分のパーツを作成して上に乗っける…的な修正も可能です。(こういう修正は本当は良くないと思うのですが)緊急の時の応急処置として。
余談ですが、ちょっと前だったら(先方がMACの場合)macバイナリが悪さをしているということをまず疑って、バイナリカッターでmacバイナリを削除したりしたものですが、osXの現在では聞きませんね。
特定のファイルというのは、下位変換してもらった場合、ということでしょうか? それとも特定のPCで作業したファイルを受け取った場合、でしょうか? 先方の環境などもそれとなく確かめてみるといいでしょう。
このへんは参考にならないでしょうか?
http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1013048...