最新の情報が良いかと思いましたので、東京メトロの時刻表の数字を全部数えました。
http://www.tokyometro.jp/rosen/rosen.html
丸ノ内線 大手町駅 荻窪 方面行 336本 池袋 方面行 336本
東西線 大手町駅 中野 方面行 288本 西船橋 方面行 285本
千代田線 大手町駅 代々木上原方面行 235本 綾瀬 方面行 234本
日比谷線 銀座 駅 中目黒 方面行 282本 北千住 方面行 286本
南北線 永田町駅 目黒 方面行 182本 赤羽岩淵方面行 178本
という事で、東京メトロ 東西線、千代田線、日比谷線、丸ノ内線、南北線を運行本数の多い順に並べると、
丸ノ内線
東西線
日比谷線
千代田線
南北線
となります。
丸ノ内線には方南町支線(中野坂上~方南町)を含みません。数えていないので加えていませんが、1位の座は圧倒的なので加えたとしても順位に変わりは有りません。
ちなみに数え方は物凄く原始的です。時刻表の数字をExcelにコピーし、余分な文字を除去した後、counta関数で数えました。
もっと良い数え方が有るかも知れませんが、方法を考えているより手を動かした方が早いケースだと思って、この方法を採りました。少々の誤差が有った場合はすみません。