ATMは裏側で銀行の相互接続ネットワーク網となる全銀システムに接続しています。その上で更に、全銀に接続している個々の銀行と個別交渉をしてどの銀行とATM決済を行うかを決めているわけです。
ATMの利用料金は、全銀の接続料金(詳しくは判りませんが、これはバックボーンネットワークを通じて接続を行うため、ATMの数に関わらず、一律料金)+個々の銀行の手数料が費用として必要となってきます。
ここで着目すべきはATM全体としてのシステム費用負担はどこの銀行でも同じですから、ATMの設置台数(というか実際にはATMの数だけ増やしてもしょうがないので利用者数ですね)が多くなれば、1台(1人)あたりの費用負担(手数料)を安く抑えることができるというわけです。
また、他にもATMが自社運営なのか、他社運営なのかで料金には違いがでてきます。他社運営の場合は自社運営に比べて他社への手数料が余分にかかるためにその分、費用は上乗せになります。
セブンイレブンのATMが他のコンビニのATMに比べて幾分、有利なのは、運営元がセブンイレブン(実際には子会社のセブンバンクですが)であること。また、セブンイレブンはコンビニ業界首位=店舗の位置的条件が他のコンビニに比べて有利で客数が多いなどの有利な条件があることに原因があるのではないかと思います。
まあ、コンビニは既に飽和状態に達しておりますので、セブンイレブンの優位はそう長くはもたない可能性もありますけどね。
http://www.fsa.go.jp/singi/singi_kinyu/dai2/siryou/20090109/03.p...