衆議院選挙と参議院選挙との選出方法の違いによるものではないでしょうか。
二院制を採用している現行の憲法ならびに選挙制度においては、参議院は衆議院と異なった代表の選出方法であること。
また、選挙区が各都道府県を選挙区とすることから、人口比の基準が衆議院に比べて緩くてもよいのということ。
以上が最高裁が衆議院と参議院で議員定数不均衡について異なる見解の下で判断している理由だと思われます。
もともと、参議院の代表選出方法は構造的な問題を抱えているそうですが(以下URL参照)
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E4%B8%80%E7%A5%A8%E3%81%AE%E6%A0%B...
最高裁は、1票の格差というよりは、選挙区選挙における「逆転現象」--たとえば定数3の選挙区が定数4の選挙区より有権者が多いという状況--を発生させないように配慮しているとみられます。
参考「過去の議員定数是正訴訟最高裁判決」