こういう一般論は難しいです。補足をします。
http://law.e-gov.go.jp/htmldata/S22/S22F03601000023.html
25条2
使用者は、法別表第一第八号、第十号(映画の製作の事業を除く。)、第十三号及び第十四号に掲げる事業のうち常時十人未満の労働者を使用するものについては、法第三十二条 の規定にかかわらず、一週間について四十四時間、一日について八時間まで労働させることができる。
10人未満の飲食業事業所ならこれに該当しますので、労働時間の上限は基本44時間となり、そこまでは36協定不要です。
超えるならもちろん必須。(大抵は締結してないでしょうけど、)
また、変形労働時間制という制度があり、この協定を結べば比較的変則的な労働時間を設定する事ができます。
年中無休の店舗でシフトによるローテーションを組む場合や、祝日に休む代わりに土日に出勤させるなど、いいように使われています。
ただし、時間外労働にも一応、上限が設定されています。
http://labor.tank.jp/wwwsiryou/messages/58.html
特別な場合を除いて(労基法33)これを超える事はできません。
また、時間外労働の実時間について、個別の雇用契約書などに明記する事はありません。
あくまで、業務の必要性によって一時的に労働時間を延長するのみであり、雇用契約自体は週40(44)時間を守らなければなりません。
就業規則に、「時間外労働を命ずる事がある」との1文を入れ、36協定を結ぶのが通常、正規の方法です。
>雇用契約書に残業40時間(週で?)の表記があれば
かなりグレーで、厳密に解釈すれば違法な記載ですから無効です。
好意的に解釈すると、残業が40時間程度になる事が多いですよ、という注釈と言えるでしょう。
(もちろん上限を超えているので40自体は違法)
ただ、雇用契約書に週の時間外の労働時間を入れるのは極めてまれでしょう。
前記のように時間外労働が事前に確定している事自体が不合理ですし、普通は1ヶ月単位なので、賃金が1ヶ月分なら労働時間も1ヶ月単位です。
ただし、労基法はザル法、罰則が非常に弱いので、違反しているからと即座に使用者を罰するなどできません。