Unicodeにおいては、(UTF-16で)0250〜02AFまでがIPA発音記号と定められているはずです。
例に挙げられたaなら、発音記号としては0251(UTF-16), C9 91( UTF-8)となっているはずです。
http://www.unicode.org/cgi-bin/GetUnihanData.pl?codepoint=0251
普通のアルファベットのaは、0061(UTF-16), 61(UTF-8)ですので、当然、全く違ったものになります。
フォントについてはUnicode対応のものかどうかによりますが、欧文フォントであればまず共用されていることはありません。
ちなみに、Microsoft Wordをお持ちなら、Unicode(UTF-16)を半角英数で打って、その後すぐAlt+Xを押すと、コードを文字に変換してくれる機能があります。