コメント欄にしたいくらいざっくりとですが、
その情報を広くデータとして活用してもらいたいというページ(インターネット向けよりも社内向けのほうで多用)であればXHTML、その他の場合はHTML(インターネット向けでは主にこちらですが、プログラムで変更を行う可能性が高い場合はXHTMLにする場合も多い)という使い分けにしてます
流石にStrictだと厳しすぎるというか、時代の変化についていけないので、いずれの場合でもTransitionalを採用してます
(SEOがどうのこうのという訳でもないですがFramesetは使わないですね)
私はXHTML 1.1をお勧めします。その理由は後述しますが、まずは質問にお答えします。
XHTML 1.0 TransitionalとHTML 4.01 Transitionalの決定的な違いは、前者がXMLに準拠しているので、ブラウザ以外のプログラム(たとえばVB.netやPHP)を使ってコンテンツ(xhtmlファイル)をデータベースのように再利用することが可能だということです。
以下の点に注意すれば、HTML 4.01 TransitionalでもXHTML 1.0 Transitionalと同等の記述(XMLとして再利用可能な記述)ができます。
さて、冒頭でXHTML 1.1をお勧めした理由は、HTML 5.0への移行がしやすいからです。
ご存じかもしれませんが、HTML 5.0はXHTMLとHTMLの規格が初めて合体したものです。その策定に当たっては、開発がキャンセルされたXHTML 2.0に大きな影響を受けています。
これから新しいコンテンツを作るのであればHTML 5.0で書いた方が良いと思いますが、もしその選択肢が無いのであれば、より近いXHTML 1.1で書くことをお勧めします。