大きな違いは、「特定保健用食品」は、国が有効性を審査して、表示を認めるもので、
勝手にラベルを付けられません。一応、お墨付きってことです。
「栄養機能食品」は、表示のためのルールはありますが、それさえ守っていれば、
極端な話、何の効果が無くても、「栄養機能食品だ」と勝手に名乗ることができます。
http://www.mhlw.go.jp/topics/bukyoku/iyaku/syoku-anzen/hokenkinou/hyouziseido-1.html
特定保健用食品
からだの生理学的機能などに影響を与える保健機能成分を含む食品で、血圧、血中のコレステロールなどを正常に保つことを助けたり、おなかの調子を整えるのに役立つなどの特定の保健の用途に資する旨を表示するものをいいます。
http://www.fukushihoken.metro.tokyo.jp/anzen/hoei/hoei_015/hoei_015.html
栄養機能食品とは、高齢化やライフスタイルの変化等により、通常の食生活を行うことが難しく1日に必要な栄養成分を取れない場合に、その補給・補完のために利用してもらうための食品です。
特定保健用食品は 機能を補助するためにとるもので、栄養機能食品は 一日に必要な栄養の補助のためにとるものです。