綾波レイと碇ユイは何か関係があるみたいなのですが、よくわかりません。アニメもそこそこ内容を理解するのが難しいんですよ。
知っている方是非教えて下さい!
こちらはどうでしょう?
http://amuragi.web.fc2.com/eva.html
碇ユイのサルベージ(救出)計画が行われるが失敗する。→後に碇シンジサルベージ計画に流用される。
→碇ゲンドウは人類補完計画を利用することで碇ユイに再び会うことを決意する。
人類補完計画追行のため
リリスのDNAと碇ユイのDNAから綾波レイを作成する。
綾波→碇ユイの遺伝子から造られ、リリスの魂を持つ
http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1335592553
間違う人が多いんですが、綾波レイの肉体は碇ユイのクローンではありません。
ただし旧作においてです、新劇では設定が変わってるかもしれないのでわかりませんが・・
よって以降は旧作においての話になります。
レイの肉体は、スキゾ・パラノという製作側のインタビュー本では、ユイの遺伝子半分とアダムの遺伝子半分と明言されてます。
ただしEOEのパンフレットには、レイの肉体は、エヴァに取り残された碇ユイをサルベージしたものとあり、ユイが取り込まれたのリリスクローンの初号機です。
こちらは参考になるでしょうか。綾波レイは碇ユイの遺伝子を持っているようです。下の引用部分の前後の文章が参考になると思います。
●碇ゲンドウと綾波レイの絆
リリスと消えた最愛の妻の遺伝子を持つ少女に「レイ」と命名したとき、ゲンドウはユイとのあいだに娘を得たような気持ちになったのだ。