総務省のサイトに、一覧が PDF でありました。
http://www.soumu.go.jp/main_sosiki/gyoukan/kanri/pdf/satei2_01_03.pdf
平成23年11月1日現在で、102法人とのことです。
先程の一覧は、ここのページから引っ張ってきています。
http://www.soumu.go.jp/main_sosiki/gyoukan/kanri/satei2_01.html
特定独立行政法人の常勤職員数などのデータもあるようですので、参考まで。
総務省のこちらのページでは、独立法人のサイトへのリンクがあります。
http://www.soumu.go.jp/main_sosiki/hyouka/dokuritu_n/dokuhou_ichiran.html