MyISAMにはトランザクション機能がないですが、どのように一貫性を保のでしょうか?
たとえば、AテーブルとBテーブルを更新する処理があるとします。
Aテーブルの更新に成功後、Bテーブルの更新で失敗した場合は、例外を補足してAテーブルの内容を元に戻すように更新し直すのでしょうか?
ROLLBACKするような設計はMyISAM向きではありません。
MyISAMを適用する場合は、AテーブルとBテーブルを更新するデータをあらかじめプログラム側でヴァリデーションチェックし、更新は絶対に失敗しないように設計すべきです。
この点については、MySQL公式マニュアルの下記のページで詳しく述べられています。
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/ja/ansi-diff-transactions.html