お住まいの場所が書かれていないので遠いかもしれませんが、
例えば下記URLの場所では1kgから製粉してくれ、そば打ちの講習会も開かれているようですよ。
http://soba-shintominosato.com/sale.html
http://soba-shintominosato.com/class.html
出来れば、どの辺の範囲の場所で、どのくらいの量の蕎麦の実があり、
その蕎麦の実はどんな状態か書かれると、より詳細な回答があるかと思いますよ。
以下は、全国蕎麦精粉協同協会の全国のそば打ち教室のリストですが、各教室共に相談に応じると書いてあるので、一度お近くの教室に問い合わせてみてはどうでしょうか。
http://www.sobako.or.jp/school/index.html