自動起動にはいろいろなやり方があって、なかなか停止がむつかしいものがあります。
ログイン項目やStartUpなどにあるやつは簡単なのですが、frameworkなどになっているやつはシステムファイルを削除してやらないと停まりません。
具体的にはそのアプリでインストールされるファイルを全部調べて、それらしいのを他に移動させてやって停止すればそれというのが解決法です。
~/Library/Receiptsなどにpkgファイルを残してくれるやつであれば、そこの*.bomというリストをlsbomというコマンドで見れば、ファイルのリストがあります。つくってくれないやつは、アプリpacifistなどで調べます。
こう書いても、意味があまり分からないと思いますが、意外とその辺をいじるのはむつかしいです。mac osxのちょっとした弱点のひとつです。