ソース管理とWEBアプリの公開は別の話ですよね?
■大原則
最終的には、 .git というディレクトリなどの管理系のものはWEBアプリとは関係ないものですし、また、その情報を見せることはよろしくないので、
公開されているシステム(アプリ)では、何らかの制御をして見せないのが大原則
■
(a)は、アプリを公開やデプロイするときの話で、いらないものは削除しましょうという路線で、業務の時などはこの路線が多い気がします。
(b)は、(a)をするのが面倒だから、とりあえずユーザーから見えなければよいやという路線。理由によってはあり得るケース。
(c)は、プロならたぶんありえないと思います。ただ、htmlの静的ファイルだけだとか、管理ファイルの中を見られてもまあ問題ないだろうという路線の時はあり得るケース。
多くは(a)です。
ソースの取出しが即公開場所なら、(b)でも仕方がないでしょう
http://q.hatena.ne.jp/answer