質問者様から補足を頂きましたので追加の回答でございます。
20年前に土地を購入した際は、私が代金のすべてを支払っておりまして、市街化調整区域の農地であるため兄の名義を借りて、所有権移転していたものです。従って、真正なる名義人は私であり、この度の兄弟間の売買契約も生じません。
現状お兄様が所有権を保有されている土地につきまして質問者様へ所有権を移転させるための所有権移転登記をこれから行うということでよろしいのでございますよね。
売買の形式を取らないということでございましたら所有権移転登記の際の登記原因は「贈与」ということで申請されるかと存じます。
お兄様は御存命だと思われますので生前贈与ということで処理されるはずでございます。
贈与が成立いたしますのは所有権移転登記が完了したときでございますからそのときの路線価などを元に評価額が算出されるこのになると存じます。
http://right.office884.jp/%E8%B4%88%E4%B8%8E%E3%81%AB%E3%82%88%E3%82%8B%E6%89%80%E6%9C%89%E6%A8%A9%E7%A7%BB%E8%BB%A2%E7%99%BB%E8%A8%98.html
http://shiho-shoshi.asia/shihoshoshi/zouyo.html
御兄弟の間で売買契約を結ぶのではなく譲渡という形式をお取りになるということでございましょうか。
市街地農地として評価されることになると存じます。
http://d.hatena.ne.jp/obasanzeirisi/20080818
http://counselling.jugem.jp/?eid=1576
その評価しようとする農地の付近の宅地の価額を基にして、道路からの距離や形状を考慮し、その農地が宅地であるものとして計算されます。
他所の質問サイトでございますがこちらの御質問も参考になるのではないかと存じます。
http://okwave.jp/qa/q7798487.html
売買による所有権の移動をお考えということであれば以下のサイトが御参考になると存じます。
http://gyousei-navi.com/question/disp_question/id/399/
(3)安価購入に伴うペナルティー
親族間の不動産売買は、通常の他人、不動産会社からの購入よりも売買価格が適正であるかどうかが、厳密にチェックされます。適正でないと判断された場合、適正価格からの差額分が贈与の対象となり、贈与税がかかります。
いずれに致しましても農地転用許可申請の際に司法書士の方とコンタクトを取られたのではないかと存じますがその方に御相談いたしますのが最善かと存じます。