明示的に vimrc を -u オプションで指定するときは、ファイル名よりも前に付けます。
sudo vim -u /Users/username/.vimrc filename
これでうまくいかないようだったら、vim のバージョン情報を確認です。
sudo vim --version
ずらずらと出てくる情報の中で +clipboard となっている必要があります。
可能性は低いと思いますが、vim が複数入ってて、sudo で起動される方が -clipboard になっている、という可能性もあります。
# まず、無いと思いますけど