どういう歴史的な経緯があるのでしょう。
例えば、大昔は、東北や関東は、「日本(ヤマト政権)」からみて、よその土地だったからでしょうか。あるいは、平安時代の朝廷にとっても、東北や関東への蔑視があったのでしょうか(「蔑視」などけしからんと思いますが、エミシなどという差別的な言葉も学校で習いました。)。
北日本新聞が富山の新聞ですし、北陸を北日本と呼ぶことがあるのは間違いないです。
むしろ私は東北・北海道を北日本と呼ぶことを最近知りました。
東日本を無視した呼び方、ということではなく、単に京都から見て北にあるから、ぐらいの感覚ではないでしょうかね。