専門医や認定医はそれぞれの学会のもうける規定をクリアしたら学会から与えられる称号です。普通は一定の業績を申請して受験資格が得られ、試験を受けて合格したらもらえます。指導医はこの専門医や認定医を取得してさらに論文や学会発表などを追加して申請したら与えられ、専門医や認定医を目指す若い医師の指導ができるというような位置づけになります。医師免許と違って国家資格でないので当初は厚労省は無視していましたが、先進医療や手術機器がどんどん増えてきて医師免許のみでどんどんやって高い診療報酬を請求されたり経験のない医師がどんどん行って医療事故が起こっても行けないのでそのような医療についてはこの専門医や指導医がないと申請できないようにしてきたりしています。将来的には同じ治療でも専門医が行った場合、指導医が行った場合、それ以外の医師が行った場合で治療費が変わるようになるかもしれません。ただし、多くの指導医・専門医の資格は経験が多いかどうかしか見ていないのでその医師の技量と必ずしも一致していません。知識ばかりで腕の立たない医師だと言うこともあり得ます。