いったん、document のどこかに DOM のインスタンスとしてぶら下げておいて getElementById メソッドで探します。
取得した HTML の内容が見えてしまっては困るようなら、見えないようその下にぶら下げます。
// 例えば... var s = "<ul>" + "<li id='item_1'>ITEM 1</li>" + "<li id='item_2'>ITEM 2</li>" + "<li id='item_3'>ITEM 3</li>" + "<li id='item_4'>ITEM 4</li>" + "</ul>"; // HTML を抱える要素を作る var container = document.createElement("div"); container.style.display = "none"; // 見えないようにしておく // HTML の内容を DOM で構築 container.innerHTML = s; // BODY にぶら下げる document.body.appendChild(container); // getElementById で探す var e = document.getElementById("item_3"); console.log(e.innerHTML); // 取っておく必要が無いのであれば、生成した DOM を削除しておく document.body.removeChild(container);