恐らくOSはWin3.1あたりだと思われます。
ピン数自体は旧ノートPCと同一です。
486SE/SR 機能仕様
一般的なクローンキットって、今売ってるようなものではむずかしそう。
http://www.pc-9800.net/db_epson/data/pc-486sr.htm
MS-DOSのフォーマットがされているようですが、まず接続がSATAではなくIDEそれも古い方だったようです(外見のピン数があっていても、微妙にバージョンの違うアダプタである可能性があります)
(「オプション:IDE対応HDDパック(40MB/80MB/125MB/200MB/320MBタイプ・ノート共用のうち1基)内蔵可能」)
メガバイト…ですもんねえ…問題のHDDのフォーマット形式はFAT16でしょうか、もうひと世代古いものでしょうか。
http://kb-jp.sandisk.com/app/answers/detail/a_id/3543
マウントしてしまえばこっちのものですが、ジャンパピンでスレーブにしてやったかなどいろいろ確認事項があるとおもいます。
http://oshiete.goo.ne.jp/qa/4836155.html
http://qa.itmedia.co.jp/qa8986083.html
こんな応答でやっているのと似た雰囲気になるとおもいます。
解決になったフリーのクローンソフトというのがどれかよくわかりませんが、外装などを良く見て条件にあうものを選んで下さい。