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ワードプレスのwp_postsに3Gほどのデータがあります。

かなり頻繁に「使用中」となったままになり、サイトには１記事も無い状態になってしまいます。
PhpMyAdminのテーブルの修復でなんとか手動で戻せていますが、対策はありませんでしょうか。
ちなみに記事数は１０万記事、PVはたかだかデイリー1000PVほどしかありませんので、アクセス過多ではないかと思います。

root無しのVPSなので、ディープな部分までは触れません。
テーブルはMyISAMですが、InnoDBに変更しようとしても、FullTextのキーは使用出来ないというようなエラーがでてしまいます。

「使用中」で固まらない方法はありませんでしょうか。