藤原道長は、「ふじわらのみちなが」ですし、源頼朝は、「みなもとのよりとも」ですし、平清盛は、「たいらのきよもり」と読みます。
豊臣の姓を多くの人に与えていたため、実質、名字(苗字)のようになってしまったのではないでしょうか?また当時から出自のわからないことは知られていたようですし。
現代では同じになってしまっていますが、もともとは姓と氏は別のものです。