まず、「このやり方が絶対的にベター」というのは、無いと思います。
どんな方式でもメリット・デメリットがあって、続けていくうちに、デメリットの方が顕在化してくるので、
数十年おきに、「デメリットの方が顕在化しだしたら変える」を、ずっと続けるしかないかと思います。
また、「衆院の選挙の方式と違う」ということも、重要だと思います。
同じ選び方で選ぶのなら、二院制にする意味が乏しくなりますので。
そのようなことが前提として、衆院選が政権選択の選挙のなのに対して、参議院はチェック機能の役割が大きいので、
参院選は衆院選よりは低い得票率でも当選できるシステム(=選挙区を大きくして、選挙区あたりの定数を多く)の方が、よいのではないかと思います。
海外の選挙制度だと、
比例選だけど、過剰な小党乱立を防ぐために、一定得票数を超えない党は議席ゼロにするとか、
逆に得票1位の党に「ボーナス議席」を加算するとか、
小選挙区だけど、死票を減らす為に1位の得票率が低ければ決戦投票をやる、
といった「デメリットの緩和策」がありますね。こういうシステムも検討に値すると思います。
あと、「1票の格差」の問題でいうと、平等が絶対とも言い切れないかな、と、個人的には思います。
「各県に最低1議席割り振る」には、否定的意見の方が多いように感じますが、
たまに目にする「地域でなく年齢ごとの選挙区にして、人数の少ない世代の票を重くして、若年層が支持する人を当選しやすくすればいい」という意見だと、
これも「1票の平等」には反する意見ですが、ある程度支持はあるのかな、とも思いますので。
以上、ポイントにつられてたらたらと書いてみました。
比例代表で非拘束名簿にするというのは、比例代表で投票者が個人を選べないというデメリットを解消するための「誰でも考えつく方法」ですが、タレントを「利用した」虎の威を借る狐になるという問題が生じています。そういった問題を防ぐためには「移譲制」を導入すれば比例代表的な効果を出した上で、個人を選べるようにできます。これはジャーナリズムではほとんど提唱されていませんが、学問的なものにはちゃんと書いてある方式です。デメリットは制度が複雑なこと。
https://ja.wikipedia.org/wiki/単記移譲式投票