留学してました。
文法で覚えたわけじゃないので、感覚で説明してみると
Where ・ do you ・ want to go(?) と分けてみると
Where はそのままで「どこ」
do you で質問の相手を指す。「あなたは」
want to go で「に行きたい」が成立しているので、その後にtoは不要です。
to はそもそも「to ~」と使われることがほとんどで、to 単体で終わることは少ないです。
別にwant to go to という「組み合わせ」自体が悪いわけではありません。
例えば where の代わりに具体的な場所を尋ねる場合
Do you ・ want to go ・ to America? となります。
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Where do you come from? は
fromをつけることで、どこ「から」という問いが成立します。
where do you come だけだと、日本語で「どこ来た」という感じで言葉が足りません。
同じように分けてみるとこんな感じで
Where ・ do you ・ come from
from が最後にきているから、toも最後につけるという考え方は良くなくて
want to go で一つの意味、come from で一つの意味を持っていると捉えるほうが良いです。
Where do you want to go from? だとfromが必要になるのはgoというときに通常は「どこから」より「どこへ」が問題となるものだということ。
日本語でも「どこ行く?」と言ったときは「どこへ行く?」という意味で合って、「どこから行く?」のつもりで言う人はいないしそのように理解する人もいないでしょう。
「(どこでもいいからここじゃない場所で)寝に行くんだよ」
「()食事にいくんだよ」
って気軽に答えづらいじゃん。
https://ejje.weblio.jp/content/%E9%A3%9F%E4%BA%8B%E3%81%AB%E8%A1%8C%E3%81%8F
食事にいくはgo for a meal ではないかと。
https://ejje.weblio.jp/content/go+to+eat