地下鉄丸の内線（東京メトロ）で、四ッ谷駅だけ地上に出てるのは、何か理由があるのですか？

地下に作るのは

ただ単に場所がないだけだろうね。
できれば、地上のほうが お金がかからなくていいはず。

ま、雪国なら、地下のメリットというのもあろうが。

地上に出るのは４箇所だそうです

http://www.fsinet.or.jp/~k-waka/photo/97/97.htm

http://www.fsinet.or.jp/~k-waka/photo/97/97.htm

というか、お濠の中なので地下がなかった

というのが正解です。
もともとＪＲの四ツ谷駅が江戸城の外濠の中にあり、それに隣接するかたちで濠に駅を作ることの認可がとれて、乗客の利便性も地下に駅を作るよりも安く駅が作れた。つまり江戸時代に先に掘られていたので、そこだけ地下がなくなっていた（笑い）というのが正解です。
しかし、有楽町線の市ヶ谷や東西線の飯田橋は、ＪＲは濠の中に駅がありますが、地下鉄は路線上や地形上から濠の中に駅を作ることは断念しおたようです。