条件
・html形式で出力できる
・フローチャートの作成はドラッグ&ドロップなどで直感的に操作できる
・任意の場所にJavaScriptを埋め込むことができる（document.writeで指定箇所（textareaなど）に文字列を吐き出せればよいです）
・Windowsアプリケーション or IEで動作可能なWEBアプリケーション
よろしくお願いします。
No.2
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説明が足りてませんでしたが、JavaScriptも簡単に配置できるソフトを希望してます。
（html・JavaScriptの知識なしで使えるもの）
引き続きお願いします。
No.3
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・フローチャートの作成はドラッグ&ドロップなどで直感的に操作できる
この要望だけなら以下のフリーソフトがオススメなんですが･･･。
フローチャートを作成できるソフトって意外に少ないですよね。
No.4
20
22pt
フローチャートではないですが、
UMLのアクティビティ図ならば、似たような図をかけるのでは？
http://jude.change-vision.com/jude-web/index.html
ただ、UML自体が多少複雑なため、勉強が必要かもしれません。
（現在のトレンドはフローチャートよりもUMLだと思います）
JavaScriptが埋め込めるフローチャート作成ツールってのは
ちょっと聞いたことがないです。ごめんなさい。
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Visioですか。
会社であれば試して見ます。