WMV形式のファイルをiPod（第３世代）用のファイルに変換したいのですが、どうにもうまくいきません…。

・XmediaRecoderでmp4形式に変換し、ファイルは生成されたものの、QuickTimeで再生しようとしたところ、「エラー2002：ムービー内で不正なパブリック・ムービー・アトムが見つかりました」というエラーが表示され、再生できず。

・携帯動画変換君で変換しようとしたところ、エラーが表示され、変換すらできず。

自分でも調べてみましたが、ダメでした…。よろしくお願いします。