OSとデータベースに詳しい方にお聞きします。

いまから15年前と言うと1993年。インターネットが普及し始めたのが1995年です。常時接続が普及しはじめたのが2000年。

用途がわかりませんが、15年と言うと、OSというレベルではなく、アーキテクチャとネットワークの進化や保守、そのデータベースが必要とされるかどうかのほうが問題になると予想できます。

技術革新の激しい昨今(15年先まで激しいかどうかはともかく)、5年後にどう環境に適応させるか、いかにバージョンアップや移植がしやすいかを考えたほうがいいのではないでしょうか。

回答として言えば、開発費と5年間の維持費を考えて、安価なほうでよいと思います。

安価なほうというと、すなわちLinuxですか。（LAMPを想定）

これは難しい質問です。

そのサーバシステムはビジネス用途ですか？

Linuxを含むGPLライセンスのオープンソースは、それを変更・改変した場合、GPLで公開することが定められています。場合によっては、開発したテンプレートなども公開する必要があります。

また、GPLライセンス下でトラブルが発生した場合には、御社の責任になります。

トラブル・リスクを回避するため、市販ディストリビューション（例：RedHatLinux）を導入することがあります。

ところが、RHLにはライフサイクルがあり、おおよそ５年程度でセキュリティパッチを含むすべてのサポートが停止します。これは、現行のWindows Serverより寿命が短いのです。

次期メジャーバージョンにアップする際、運が悪いと、ご利用のハードウェア上での動作保証はないかもしれません。

ビジネス用途の場合、こうした条件が不利に作用しないのであれば、LAMPを選択していいと思います。

いずれにしても、#1さんがコメントされているように、御社プロパーのリソースによって、WindowsなのかLAMPなのかは、自ずと決まるものではないかと思います。15年先を考えるのであれば、目先のコストだけに惑わされるべきではないと思います。

＞Windowsサーバは避け、Linux系のサーバで始めるべきでしょうか？

コインを投げて、表裏で決めてください。

回答者１のように５年が先を見通せる限界だと思います。

５年しか考えないのなら、どっちでも一緒。

winかLinuxかというより、データベースの構造とか作り方の問題ではないですか。構造がわるいと作り直しさえできないようになってしまうと思います。システムやソフトの面は日進月歩なので、どんどん変わりますよね。そのさい、どうなっても作りなおしやすいように、目的に合わせて、データの項目や構造をしっかり設計しておくべきだと思います。

システム開発の歳に忘れがちなのは、運用コストです。

保守サポートをどのようにお考えかわかりませんが、社内である程度やる場合はWindowsとLinuxの技術サポートが可能かについての検討も必要だと思います。

一概にLinuxが安価になるとは言えないのではないでしょうか。