どんなソフトでもできると思います。
URLのあとに?つきパラメータをそれぞれつければ測定できます。
http://www.test.foo.jp/index.html?magazine
http://www.test.foo.jp/index.html?yahoo
http://www.test.foo.jp/index.html?google
http://www.test.foo.jp/index.html?212
上記アドレスのログを参照すれば解析可能だと思います。
ウェブサーバのログを見ればどこから来たのか(referer)がわかるので、それでクリック件数が
おおよそわかります。ただし一部のfirewall製品では、refererを消去してしまうものがありますし、
ウェブサーバのログにrefererが残るように設定が必要なことがあります。
少々難しい方法でよければ、広告がクリックされた事をJavascriptで検出する方法があります。
これはGoogle Adwordsなどでも用いられている方法ですので、より確実です。
ちょっとよくわかりません。