企業会計上の費用収益対応原則から言えば、収益とそれを生み出すのに要した費用とは同一の会計年度に計上されなくてはなりません。法人税法もこれに準ずると考えてよいと思います。(法人税法第22条4項)
法人税法第22条3項二号は、「(前略)当該事業年度の販売費、一般管理費その他の費用(中略)の額」を当該事業年度の損金の額に算入すべしと規定していますので、「08年売上に対応する人件費」を区分して把握できるなら、08年度の損金の額とすべきではないかと思います。税務署の指摘どおりです。
07年度の人件費については、同じように、07年度の所得の計算上、損金の額に算入していなかったわけですから、税額を過大申告していたことになります。あなたの考えで正しいと思います。
納税義務者は、「納税申告書に記載した課税標準等または税額等の計算が法律の規定に従っていなかったこと、または計算に誤りがあったことにより」税額を過大に申告した場合は、税務署長に対し「更正の請求」(=税務署長が税額を訂正するように請求)をすることができます。(国税通則法第23条1項一号)
ただし、請求できるのは法定申告期限から一年内という条件が付きますので、12月決算の貴社は07年度の所得を今年の2月末日までに申告したと思いますが、来年の同日までに請求を行わなくてはなりません。
更正の請求には、税額が変わる前後の計算方法、税額、請求する理由、事情を記載した更正請求書を税務署長に提出しなくてはなりません。税理士さんと相談してみてください。
税務署が何も言わない件ですが・・・大真面目に考えると、租税には合法性原則というのがあり、税務署長は法の規定どおりに税を徴収しなくてはならない、とされていますので、取りすぎた分は税務署長が自発的に減額を行うべきなんですが、実務上、それを税務署に期待するのは無理ですね。
大変丁寧なご説明でよく判りました。有難うございました。
ご回答有難うございました。大変参考になりました。