htmlファイルをzip圧縮してクライアントに電子メールを送ったところ、解凍するとそのファイルからjavascriptを記述した付近が削除された状態になっているのですが、なぜこのようなことが起こるのでしょうか？

Javascriptが保存したHTMLファイルとは別ファイルになっているのではないかと思います。

IEなら

ファイルー＞名前をつけて保存

で、

ファイルの種類を「Webアーカイブ、単一のファイル(.mht)」

にして保存してみてください。

保存した.mht形式のファイルをダブルクリックしたらJavaScript含めて開けませんでしょうか？

電子メールでのWebサイトのページのやり取りには.mht形式は便利ですよ（みたままのイメージで送れるので）

送信者がマルウェアに感染しているのでしょう。

アンチウイルスソフトによっては、ファイルを丸ごと隔離するのではなく、JavaScriptのマルウェアコード部分のみを器用に除去してくれるものもあります。

例：

BitDefender Internet Security 2009

ファイルからウイルスを駆除

検知された感染ファイルからマルウェアのコードを取り除きます。感染除去はいくつかのケースでは失敗することがあります。例えば感染ファイルが特別な電子メールの形式の中にある場合です。

ただし、JavaScriptでわざと難読化している場合など、誤ってマルウェアと判定されて削除されてしまう可能性も考えられます。

その場合はアンチウイルスソフトを一時的に無効にしてから解凍すれば削除されずに取り出せると思いますが、本当にマルウェアコードが含まれていた場合は削除されずに残るため、実行するのは非常に危険であり、当然薦められませんし、結果どうなろうともなんら責任を負えません。

たとえ手元のファイルに問題がなかったとしても、メールの送信経路上でマルウェアを仕込まれてしまうような可能性もないとは言い切れません。

難読化しているような場合は、解除するなど、誤判定されないような工夫をしてみるのはどうでしょうか。