ファンクションキー（F1-F12など）を設定するにはどうすればいいでしょうか？その際、あるアプリがフォアグランドの場合だけ、設定した場合に有効なのではなく、すべての起動しているアプリがフォアの場合でも設定したファンクションキーが有効なようにしたいと思っています。もちろん、個別のアプリでファンクションキーがセットされているならばそれは仕方ないと思っています。実際にはシフトを押しながらＦ１２を利用しようと考えています。

(質問内容が不明確な事と、私は既に現役で Visual Basic を扱っていないのでコメントにします)

こちらは Visual Basic アプリケーション開発のお話ですか？
それでしたら .net は知らないのですが、Visual Basic 6.0 以前であれば結構骨ですよ。

取りあえずサンプルです ↓

マウス・キーボードのグローバルフック
http://xration.sakura.ne.jp/htmls/prg_hook.htm

「フック」と「WH_KEYBOARD_LL」という単語がさえ分かれば、
あとは御自分でもあれこれ検索する事はできるのではないでしょうか。

ついでに基本的と言いますか、総合的な解説です。

GetEvent (イベント処理) 画面フックメソッド
http://applitech.co.jp/fhm/getevent.html

ショートカットが２つ（同じ内容でも、違っても）あったとして、
1つ目にショートカットキーを登録し、
２つ目にも同じショートカットキーを設定したら、
動作は２つ目が起動するようになるのですが、
１つ目のキー項目は「なし」にはならないとかとか・・・。
その他、挙動については変なところがあるみたいですが、
確実な答えは持ってません。


プログラムからの登録や変更については、WSHを使って
lnkファイルのショートカットキーを書き換えるという手がお手軽だと思います。
http://www.atmarkit.co.jp/fwin2k/tutor/cformwsh14/cformwsh14_02.html


大して意味は無いかと思いますが、ＯＳや主要ソフトの、
ショートカットキーへのリンクをメモっておきますね。
http://www.microsoft.com/japan/enable/products/keyboard/default.mspx