CentOS 4.7を使用しています。

CentOSでしたらrpmで管理されていると思うので、直接カーネルのファイルを削除しない方が良いです。

yumでバージョンを指定して削除するのがよいでしょう。手順は以下のとおりです。

1. まず現在起動中のカーネルと、再起動時に利用されるカーネルを確認します。
   1. 現在起動中のカーネルバージョンは uname -r で確認出来ます。
   2. 次回再起動時に使われるカーネルは /etc/grub.conf を見れば確認出来ます。最後の方にtitleという設定が並んでいると思いますが、上のほうに「default=0」という設定があれば最初に登場するtitleが次回起動で使われるカーネルですのでバージョン番号を控えておきます（defaultが0ではなく1であれば2番目のtitleになります）
2. 不要なカーネルを削除していきます。
   1. rpm -qa kernelを実行すると現在インストールされているkernelパッケージの一覧が取得出来ます。
   2. この中から1で判明した必要なバージョン以外のパッケージに付いてひとつずつ順番に yum remove kernel-2.6.18-128.1.16.el5 という風にコマンドを実行していけばよいです。