ウイルスがあるファイル、サイトなどが見つかっても、アバンチウイルスが

>ウイルスがあるファイル、サイトなどが見つかっても、アバンチウイルスが
>守ってくれました。

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よかったですね、転ばぬ先のウイルス対策ソフトでしたね。
なんて、雑談は置いといて、
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>これで、ウイルスはもう、なくなりますか？（感染してたファイル、サイトのみ）

自分のPCの感染行動・進入時に警告してくれただけなので、
相手先は 感染したまま です。再度訪問するとまた攻撃されると思います。
※コメント欄や連絡先・連絡方法があるのなら、相手に親切に教えてあげると被害者(検出ソフトを入れていないで感染)が増えなくていいと思いますと優等生回答してみたり。
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相手先がさらに強いウイルスに完成している可能性もあるので(今回は守ってくれたけど、教えに行ったら違うタイプに進化していて感染してしまった・・が一番ダメですよね)
親切に近寄らないほうがイイといった意見もありますが。
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警告メッセージがでたので、メッセージが出た=認識した なので今回の分は大丈夫だと思います。
※たまに 警告メッセージが出たのに 必ず はい を 押してしまうおじいちゃんが居ますが、
　警告後、閲覧やダウンロードを止めたなら(進めていないなら)今回は大丈夫だとおもいます。
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でも、気になるので、私なら
アバンチウイルス？のウイルスパターン更新してから、
コンピュータ全体の検索など全体を１度再検索すると思います。

セカンドオピニオン？

インストール不要の Microsoft Safety Scanner - 単体ツールやセカンド オピニオンとして - 日本のセキュリティチーム - Site Home - TechNet Blogs

↑みたいなソフトもあるので、アバンチウイルス？の取りこぼしの可能性も含めて、この機会に自分のPCの中を再検索してみては？
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余計に混乱させてしまったかもしれませんが、何かの参考となれば幸いです。