「御苦労さまです」と「お疲れ様です」の使い方ですが、公共施設や役所関係に申請等で来た方には何と声をかければいいでしょうか？上司は「御苦労さまでした」と言うのですが、何か違う気がします「お疲れ様でした」でしょうか？「ありがとうございました」と言うと上司が「ありがとうございました」って違うだろう？みたいに言います。

申請とかって、順番カードを取って番号呼ばれるまで待ってますよね。
そんな場合だったら「お待たせしました。」とか「お待たせして申し訳ありません。」
とかじゃないかな？

わざわざ来ていただいたんだから、
「いらっしゃいませ」
お仕事をいただいて、
「ありがとうございました」
で、いいのでは？

「ご苦労」は目上の者が目下に向かって言う言葉なので、武士の役人が町民に向かって言うなら合ってます。が、今の世の中では不正解。「お疲れ様」も、同僚に使うことばが基本ですから、公僕の使う言葉ではない。と思います。

お客様に対しては「御苦労さまです」も「お疲れ様です」も、おかしいと思います。

http://intelli4men.com/business/keigo.html

特に「御苦労さまです」は上から目線なので、お客様はもちろん、上司などの年上には使えない言葉です。例外としては、公的にねぎらいの言葉をかけるときに、例えば退職するときには「長い間ご苦労様でした」というのは正しいとされています。が、「御苦労さま＝上から目線」というイメージでいる人も多いので、スピーチなどでも「御苦労さま」を使わなくなったように思います。

http://oshiete.goo.ne.jp/qa/569853.html

「お待たせして申し訳ありませんでした」とか
「お手数をおかけいたしました」などの言葉を上手く使うのが良いと思います。

上司の公務員の方は「ありがとうございました」は商売の言葉だと考えておられるのでしょうね。
医療関係では「ありがとうございました」に代わって「お大事に」と言います。

私は「いつも市の業務にご協力いただいてありがとうございます」や、「お忙しいのに、お手間なのに、来ていただいてありがとうございます」という気持ちで「ありがとうございます」と言うのは美しい日本語だと思います。

個人的には「ご苦労様」と「お疲れ様」は使わない方が良いと思います。
歴史的には「ご苦労様」は美しいねぎらいの言葉でした。今でも関西圏の年配の方の間では「ご苦労様」は感謝を表す言葉として使われています。「ご苦労様」を好んで使う年配の方は「お疲れ様」という言葉を嫌います。
しかし、昭和の時代劇ブームで「ご苦労」を悪役の武士の決まりセリフとして用いたために、団塊の世代が「ご苦労」は武士が上から目線で使う言葉だと感じるようになりました。それを受けて、東京のビジネスマナー教室で「ご苦労様」は上から下と教えるようになったのです。その後徐々に2000年ごろから国語辞典にもそのような解釈が採用されるようになりました。言語学者の金田一秀穂先生はこの国語辞典の改定に反対されていました。歴史学者もこの解釈は間違っていると指摘しています。実際の江戸時代の武士は「ご苦労」とは言わなかったようです。宮内庁も歴史的にはそのような経緯はないと発表しています。
「ご苦労様」は2000年頃まで良く使われた言葉で、「お疲れ様です」は1980年代に作られた言葉だと考えられます。(「お疲れ様でした」は1980年代以前からありました。)　1980年から2005年くらいが両方が存在した時代だと言えます。お役所には 1980-2005年以前から勤めている人も居るし、申請に来る人も 1980-2005年以前に現役だった方も多いと思います。「ご苦労様」は上から下という考え方は馴染めない方も多いと思いますよ。

「ご苦労様」と「お疲れ様」については、私のブログでも解説しています。よろしければごらんください。こちらです。