幕末～現在までの日本の歴史について知りたいと思っています。

司馬遼太郎著作「このくにのかたち」全６巻

日本史全体であればこの漫画をおすすめします。

学研まんが日本の歴史シリーズ 全18巻

• 出版社/メーカー: 学習研究社
• 発売日: 1997/03/29
• メディア: 大型本
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明治中期～昭和初期であれば、この小説をおすすめします。

ひとびとの跫音

• 作者: 司馬遼太郎
• 出版社/メーカー: 中央公論新社
• 発売日: 2009/08
• メディア: 単行本
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マンガでは例えばこちらですかね。

「マンガで読み解く日本の歴史 明治・大正・昭和時代編」

マンガで読み解く日本の歴史 明治・大正・昭和時代編

• 作者: 田代脩
• 出版社/メーカー: 学習研究社
• 発売日: 2003/10
• メディア: 単行本
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「マンガで読み解く日本の歴史 江戸時代編」

マンガで読み解く日本の歴史 江戸時代編

• 作者: 田代脩
• 出版社/メーカー: 学研
• 発売日: 2003/05/13
• メディア: 単行本
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http://rekigun.net/published/pacific2.html
学研の大日本帝国の興亡シリーズとか
http://www.kawade.co.jp/np/search_result.html?ser_id=87049
河出のふくろうの本の中から興味ありそうなところ選んでみては
この手のムック本は図入りで親切に解説してるので理解しやすいです。
まぁ本格的な歴史書じゃないけど、映画や漫画の中途半端で胡散臭い話よりかはまともな知識が付きますよ。

日本の歴史がわかる本 幕末・維新~現代篇 (知的生きかた文庫)

• 作者: 小和田哲男
• 出版社/メーカー: 三笠書房
• 発売日: 2004/07
• メディア: 文庫
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http://rekisi.sakura.ne.jp/recommendation/book/japanesehistory/267-2010-09-19-09-27-54.html

これはどうでしょうか？

歴史がおもしろいシリーズ！
図解
日本史
ＴＨＥ　ＪＡＰＡＮＥＳＥ　ＨＩＳＴＯＲＹ
普及版

がおすすめです。

こちらはいかがでしょう。

マンガ・日本の歴史がわかる本 幕末・維新‐現代篇 (知的生きかた文庫)

• 作者: 小杉あきら,小和田哲男
• 出版社/メーカー: 三笠書房
• 発売日: 1999/11
• メディア: 文庫
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また、歴史漫画を紹介するサイトも参考になるのでは。
http://www5.ocn.ne.jp/~mica/sousyuuhenn.html

NHK「その時歴史が動いた」コミック版 幕末編 (ホーム社漫画文庫)

• 作者: NHK「その時歴史が動いた」取材班,村上としや,狩那匠,井上大助,本山一城,帯ひろ志
• 出版社/メーカー: ホーム社
• 発売日: 2003/07/18
• メディア: 文庫
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子ども向けの歴史マンガは、大きな歴史の流れを知るのに適していますが、もっとテーマや時代をしぼったものはこのNHKのシリーズがおすすめです。テレビでやっていたのをマンガにしたものです。