私は、新しい鉄道を建設したい（新しい路線を敷設したい）のですが、現在は中学2年生です。高校進学致しましたら、直ぐ鉄道会社の設立する為に書類作成していきたいと思います。私は、現在の鉄道では、国民らは「満員」で、苦しい思いをしております。それを救う為、国民の「安心、安全、便利、快適、満員ゼロ、遅れゼロ、事故ゼロ、乱れゼロ、雑乱ゼロ」を魅力（目指した）とした新線を、将来敷設したいと思っております。鉄道会社のタイプは、「株式会社」です。株式会社の中で、5つ区別されている工夫している会社を設立したいと思っております。この右の通りになっております。「鉄道会社、バス会社、タクシー会社、一般会社、次上、社長室」という風に別々となっております。そして、続きに鉄道会社の設立（どういう風に許可を取れば良いのか）の事で分からないのですが、どうか、分かる方は教えて下さい。お願い申し上げます。上の通りに具体的に発言しますと、まず、鉄道会社の設立方法、どうしたら鉄道会社が設立が出来るのか、どういう風に許可を得たら良いのか、新しい路線を敷設するには、国土交通大臣の許可が必要なのか、です。

鉄道が満員なのは、一部の地域だけです。
その地域は土地が高いので新線開設は、絶望的です。既存の会社を買収することをお勧めします。
日本民営鉄道協会

　
　水陸海空 ～ つわものどもが夢のあと ～
　
〔水路〕
　
　田辺 朔郎　土木工学 18611202 東京 京都 19440905　83 ／文久 1.1101-／卒論実現
……　二十五才にして、琵琶湖から京都へ水をひく大事業に取りくんだ（悪友四重奏）。
http://www.enpitu.ne.jp/usr8/bin/search?idst=87518&key=%BA%F3%CF%BA
　
〔鉄路〕
　
　小林 一三　阪急社長 18730113 山梨 大阪 19570125　84 ／明治 6.0103-／
http://d.hatena.ne.jp/adlib/19570125　阪急・東宝グループの閨脈
http://www.enpitu.ne.jp/usr8/bin/search?idst=87518&key=%BE%AE%CE%D3+%B0%EC%BB%B0
　
〔海路〕
　
　和辻 春樹　船舶工学 1891‥‥ 東京　　　19520824　60 ／京都市長17[19460313-19461127]
http://booklog.jp/users/awalibrary/archives/1/B000JAQGMM
──　和辻 春樹《科学者のことば ～ 女性と科学 1948‥‥ 星林社》
　
〔鉄路〕
　
　下山 定則　国鉄総裁 19010723 兵庫 東京 19490706　47 ／轢死体発見／19490601 就任
http://booklog.jp/users/awalibrary/archives/1/4167106973
──　松本 清張《日本の黒い霧（上）下山国鉄総裁謀殺論 19740725-19791130 文春文庫》
　
〔空路〕
　
　高木 養根　日本航空 19120707 広島 東京 19990109　86 ／19820209 羽田沖事故
……　1981 初代社長 1985 退任。遺族を慰問行脚、墜落現場に慰霊登山を続けた。
http://d.hatena.ne.jp/adlib/20091024　沈まぬ太陽 ～ 日航ジャンボ事故の虚実 ～
　

最近新設された鉄道会社の開業までのプロセスが参考になると思います。
https://ja.wikipedia.org/wiki/%E9%A6%96%E9%83%BD%E5%9C%8F%E6%96%B0%E9%83%BD%E5%B8%82%E9%89%84%E9%81%93%E3%81%A4%E3%81%8F%E3%81%B0%E3%82%A8%E3%82%AF%E3%82%B9%E3%83%97%E3%83%AC%E3%82%B9

また、新しいビジネスモデルを検討する場合は、以下のように考えます。
"世の中には自分より、頭のいい人、発想が豊な人がいっぱいいるのに、
なぜ、そのビジネスが存在しないのか？"

失礼かもしれませんが、
「安心、安全、便利、快適、満員ゼロ、遅れゼロ、事故ゼロ、乱れゼロ、雑乱ゼロ」の新線
という発想は、だれでも思いつくものです。
現に、つくばエクスプレスも「第二常磐線」ですから。

その誰でも思いつくようなものが、なぜ今、存在しないのか？と考えるのです。
そしてその理由を解除できる強みをもっている企業が、成長・発展していくのです。

鉄道の場合は、最大の理由はお金でしょうね。
人口減少のフェーズに入っている日本においては、新線に莫大な投資をしても
それを回収するのはこんなんでしょう。

投資回収が見込めない、というハードルを解除するには、資金力が必要です。
別の事業で収益を出して、その収益で鉄道事業の赤字を穴埋めする。
それくらいの経営手腕が問われるのだと思います。

勧めはしませんが、株式会社設立自体は現在は割と簡単にできるようになりました（もちろん手続は要ります）が、鉄道事業には許可が要ります。自分でやれなければ行政書士に相談しましょう。
http://www.mlit.go.jp/onestop/061/061_.html

公共的事業なので許可制です。そう簡単に降りるとは思えません。
政府与党、各議員等への献金、開業し安定した経営が望めるぐらいの自己資金、ないし関係企業の資本が必要でしょう。まずはカネと参加企業集め。