契約社員が契約期間満了でやめる場合、会社都合の退職扱いとなます。

あくまで雇用保険上の扱いに限定します。解雇の正当性の問題がからみますので。
まず、前提部分が少し違います。
https://www.hellowork.go.jp/insurance/insurance_range.html
特定理由離職者の範囲
1.期間の定めのある労働契約の期間が満了し、かつ、当該労働契約の更新がないことにより離職した者
（その者が当該
「更新を希望したにもかかわらず、当該更新についての合意が成立するに至らなかった場合に限る。）」

限るのですから、それ以外は除外されます。
本人が更新を希望しない場合は特定に該当せず、自己都合扱いになります。
ただ、3ヶ月の給付制限は付かないんじゃなかったかな？最近の実務はよく分からないので、職安で確認して下さい。

また、派遣と契約社員とでも違ってきます。そもそも、派遣契約は原則3年で（色んな例外はあるが）更新希望もへったくれもありません。ただし、派遣の場合は、1ヶ月の派遣先探策をすれば、元々給付制限は付かなかったように思います。

前にある「アンケート」てのはずいぶんな扱いだと思います。これが雇用契約そのものではなく、単なる意識調査みたいな、文字通りアンケートのようであるなら、民法95条、錯誤無効を主張して争えるかも？しれません。場合によっては最高裁まで10年でも20年でもかかりますけどね。