Windowsでアプリ起動時に参照するレジストリ、...￥software￥microsoft￥windows￥app paths￥*.exe が破壊され、レジストリ値にRecycledフォルダが設定されてしまっている状況になりました。対応自体はregeditで修正するだけなので済みましたが、アプリケーションファイルの削除が原因で、レジストリの値まで変わってしまうものなのでしょうか？

URLはダミーです。

アプリケーションを削除する際に、コントロールパネルの［アプリケーションの追加と削除］、もしくは専用のアンインストーラから行わずに単にゴミ箱に放り込んだりすると、レジストリの値が書き換わることがあります。

*.exeだけでなく、*.dll等のファイルでも起こることがありますので、もしレジストリを利用しているアプリケーションやライブラリファイルを、どうしても手動で削除する際は、SHIFT+DEL等、ゴミ箱を経由させないで削除するようにした方がよいと思います。

アプリケーションファイルの削除でレジストリが変化するのは、よくあることです。

　レジストリは、こまめにバックアップするべきでしょうね

　Win98では「Scanreg」

　Win2000，WinXpでは

　　システムツールのバックアップのシステム修復ディスクを作っておけば、レジストリの必要な部分のみ、保存できます