あまり、有効な情報ではなくてすみません
マニュアル一通り見ましたがないところを見ると、標準設定はなさそうです。
実現するには
1.qmail-localで渡すシェル内で処理するスクリプトを書く
2.qmail-smtpdやqmail-queueやqmail-injectのソースを直接触ってコンパイルしたり、ブリッジして受け渡すようなプログラムを書くのが現実的だと思います
3.ご利用の環境がわからないのですが、アプリケーションソフト側で設定するよりもSMTPポートへの特定のアドレスからのアクセスに対して回数の制限をかけるという方法もあると思います
技術的なことは分かりませんが単に告知すれば済むことではないのでしょうか?どうしてもというユーザーさんにはオプションという形で提供すればよいと思います。普通は1日に30通あれば問題ないと思います。
SPAMに利用されることを、心配しています。
環境は、FreeBSDです。