No.1
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http://www.itmedia.co.jp/help/tips/windows/w0128.html
ITmedia エンタープライズ：Windows Tips「IEが起動する際のウィンドウサイズを設定したい」
Ctrlキーを押しながら、閉じれば大きさが設定できます。
原因は、おそらくJavascriptによって開かれたウィンドウでしょう。
No.2
1340
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http://pcq.furu.org/thread.php?thread=3002
たっぴ (パソコン質問掲示板) - IEでクリックして開いたウインドウが小さいんです・・・。 -
ここに同じような質問と回答がありますので参考にしてください。違っていたらすみません。そのときはポイントは結構です。
IEの起動時のウィンドウの大きさは常に正常です。
No.3
522427
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対策集があるサイト
対策
http://www.hatena.ne.jp/1082464038
マイドキュメントを開いた時などに、ときどきアダルトサイトの広告のようなブラウザが勝手に表示されます。おそらくハードディスクのどこかに変なプログラムが巣食ってしま.. - 人力検索はてな
単にメモリ不足かもしれませんが
ウィルスのチェック、スパイソフトのチェックもしてみてください
とりあえずSpybotとAd-awareを試してみたのですがダメです。
No.4
130
リンク先の小さく開かれたウィンドウの右下をドラッグして画面いっぱいまで大きくし、Ctrlを押しながらウィンドウを閉じるとどうやら次回からは普通の大きさでリンク先が開くようになりました。
No.6
1351
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http://www.vector.co.jp/soft/win95/net/se106125.html
Vector：Fix IE (Windows95/98/Me / インターネット＆通信) - ソフトの詳細
使ってみてください
http://www.forest.impress.co.jp/article/2004/03/23/okiniiri.html
窓の杜 - 【今日のお気に入り】IEの全ウィンドウ状態を保存・復元「TraceIE」v0.05
こんなんもあります
他のソフトを起動してまではやりたくはなかったのですが、参考になりました。
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やってみたのですが解決しません。常に画面の横幅の半分くらい（縦は画面いっぱい）でしかリンク先が開きません。