bindの設定で悩んでいます。

（ＵＲＬはダミーです。）

jpnic への登録というのが今ひとつ理解できないので、質問を織り交ぜながら、想像で書きます。

１，jpnic に登録したホスト名、というのは、ネームサーバのことでしょうか。

ネームサーバの名前を変更するということは、変更後に、そのネームサーバの名前が解決できる必要があります。つまり、今まで他ドメインの名前で解決されていたネームサーバを利用していて、その名前を自ドメイン名に変更すると、自ドメインのネームサーバ自体の所在を引けるネームサーバのＩＰアドレスが分からなくなってしまうと思います。どうしても、別ドメインで解決できる名前を付けられない場合は、ＩＰアドレスでネームサーバを指定する必要があると思いますが、ここに問題はありませんか？

また、ネームサーバを変更した場合、その情報がインターネットに行き渡るまで数日かかる可能性がありますが、その間、従来のネームサーバは並列稼働することが望ましいと思います。そのあたりはどうですか？

２．named.conf の登録に間違いはありませんか？

named.conf の設定が分からないので判断のしようがありませんが、ＤＮＳ検索できなくなったのが、ある特定のサーバの場合は、その名前の情報が間違っているか、変更されて間もないため、情報が行き渡っていないかのどちらかでしょう。後者であれば、２〜３日待ってみることをおすすめします。

いずれにせよ、何を、どのように変更したのか、質問の文章から判断できかねるので、もし良ければ、もう少し詳しく書き足して頂きたいと思います。

URLはダミーです。

jpnicに登録とのことですが、何を同変更されたのでしょうか。

ドメインのネームサーバを変更されたということでしょうか。

まずns.newservername.comの正引きに失敗しているのだと思いますので、これが解決されないといけません。新しいドメインの登録状態を確認されたほうがよいと思います。

また別名とのことですが、CNAMEとしてレコードに登録されているのであれば、Aレコードに直すべきです。

Aレコードは同じIPアドレスに対して複数登録することが可能です。