よくJavaのアプリケーションサーバでFull GCが原因で障害が発生すると聞きます。

アプリの作りや規模、VMのチューニングにもよりますが、応答が一定時間返ってこなくなる障害が一般的だと思います。

CPUリソースに余裕があればユーザー（というか具体的に言うとweb applicationの動作）に影響がないというのは一概に言えないと思います。理由としてはGC実行時に消費するリソースはCPUだけではありませんし、アプリケーション・スレッドと並列的に実行する、という相互排他性自体が問題だからです。ガーベジ・コレクターが仕事をするには、ガーベジ・コレクターが一定期間操作するヒープ空間（メモリ）に対して、どのスレッドもアクセスしないようにする必要があります。この期間は、GCの「stop-the-world」フェーズとして知られています。

対応策としては、ヒープサイズやGCタイミングのチューニングが考えられます。　GCへの影響に関していえばヒープサイズは必ずしも大きければよいわけでもなく、サイズが大きくなれば必然的にGCの範囲も広がりますのでそれだけGC実行の所要時間が増えます。ですのでアプリが必要な量を適切に割り当てる事と、ユーザーアクセスの頻度とアプリの処理の重さを考慮してGCの設定をtチューニングするのが良いと思います。