http://bitincka.com/ledion/matgat/
上記アドレスにあるMatGat 2.02ですが，うまく動いてくれません．
run.batを走らせたのですが，align.exeは動いてくれません．
なにか，他にもソフトが必要でしょうか？
環境はwindows xp proです．windows98seでもダメでした．
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100pt
run.batを見るとjavaを使っていることが分かります。
javaをURL先からインストールしてください。(念のためJ2SE 1.4.2がいいと思います5.0は出たばかりなので)
インストール後、run.batを実行するとアプリが起動しました。
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start java -cp . Gat
exit
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javaインストール完了．
動きました．ありがとうございました．