去年、個人事業から有限会社を設立しました。（しかし社員は代表取締役の私一人）

回答の趣旨に適しているか分かりませんがこのようなページがございました。

個人事業者が小規模企業共済掛金を支払ってもそれは会社の経費にはなりません。

仕訳で現すと非事業用の支出を表す勘定科目の事業主貸勘定を使うことになります。

具体的には小規模企業共済掛金1,000円を支払った場合は以下のようになります。

（借）事業主貸　1,000/　（貸）現金　　1,000

これに対して法人の場合は仕訳は不要です。

個人の国民年金の支払いが会社の経費にならないと同じで小規模企業共済掛金をいくら

支払っても会社にとって関係ない支払い（個人が負担する費用）になるので仕訳は不要です。

というより会社が払うこと事態本来おかしいのです。会社と個人のお金を一緒にしていること

になるからです。だから仕訳不要として、ご自身が報酬を会社から受取りそこから小規模企業

共済掛金を支払ってもらうことになります。小規模企業共済掛金は所得税法上「小規模企業共

済等掛金控除」として課税対象所得金額から控除します。（生損保控除と同じです）

ただし小規模企業共済の支払い額を他の源泉税と同様に控除項目として処理することは

可能だと思います。具体的には報酬額が10万円で源泉税が5000円、小規模企業共済掛金を

1000円、差額を現金で払う場合なら仕訳は以下のようになります。

（借）役員報酬　100,000　/（貸）預り金5,000　→源泉税

　　　　　　　　　　　　　　　　預り金1,000　→小規模企業共済掛金

　　　　　　　　　　　　　　　　現金　94,000 →差額現金支払分

注意するのことは個人でも法人でも小規模企業共済掛金は経費にならないということです。

なおリンク先は個人事業を法人成りした場合の手続きです。