やりたいことは、Ａテンプレート、Ｂテンプレートを利用して、これらを個別アーカイブとして別々に保存したいです。
テンプレートとアーカイブを関連付け方法等の設定まではわかります。
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Amazon.co.jp： Movable Typeスタイル&コンテンツデザインガイド―コンテンツ管理システム(CMS)ツールとしてのMovable Type活用術&実践サイトデザイン術: 本: エ・ビスコム・テック・ラボ
まず、何を最終的にしたいのか判らないのですが、テンプレートを任意でつくって保存する方法がわかればよいのでしょうか？
それならば、「テンプレート設定」画面にある該当個所の「新しいアーカイブ・テンプレートを作る」をクリック後、名前と保存先（出来ればローカル・サイト・パスで）を入れ、ソースを用意すればOKです。
保存し終わったら、再構築かけてください。
中身のソース内は、どの投稿データが入った場合にAとBに振り分けるのか、事前にカテゴリー分けなどを利用して区別できるようにするといいでしょう。
それ以前に、個別アーカイブは複数のテンプレートに振り分けるのは無理かと思いますが・・・
細かいMTタグについては、
リンク先の本：『Movable Typeスタイル&コンテンツデザインガイド―コンテンツ管理システム(CMS)ツールとしてのMovable Type活用術&実践サイトデザイン術』といのが結構詳しく書いてあるので、買ってしまったほうが作業は早くすみますし、今後の知識にもなると思いますよ。
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【失礼とは思いましたが、知っているとおっしゃられている部分も含めて再度書かせてください。】
１．メイン・メニュー > ブログ名 > テンプレート
で新しいアーカイブ・テンプレートを作る
２．メイン・メニュー > ブログ名 > 設定 > アーカイブ
で「個別」と１で作ったアーカイブを関連付ける。（追加する）
３．同じページでアーカイブ・ファイルのテンプレートの場所を変える。（例：一方は<$MTEntryID pad=”1”$>.php、もう一方はmobile/<$MTEntryID pad=”1”$>.phpなど）
４．通常使いたいほうを「優先」にして、アーカイブの種別「個別」にチェックをいれて保存
これで出来ているはずです。僕はこの方法で、携帯版とＰＣ版を同時に構築しています。（リンクをつける際に多少のノウハウがいりますが。）
できました(;_;)
「アーカイブ・ファイルのテンプレート」という名前がごっつややこしい・・。
ご教示頂いたものを、テンプレート本文に書き込んでいました。無意味にデフォルトのディレクトリに上書きされちゃってただけですね。
「アーカイブ・ファイルのテンプレート」なんて設定項目名にしないで「保存先と拡張子を設定」くらいにしてくれたら、解決が早かったかもしれません。
感謝です。
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ああ、やっぱこの本ですよね。
ちょっと探してみます。ありがとうございました。