メールの送受信内容をデータベース化するシステムはありますか

クライアント側なら何個かありますよ

クラアイント側でですかサーバ側ででしょうか？

フリーソフトでこんなのがありました。。

　UNIXでという条件もなく、データベースエンジンのご指定もないようなので、少々筋違いかもしれませんが「知子の情報Pro/Mail」をご紹介します。

　知る人ぞ知るテキストデータベースがちょっと進化して、Outlook Express と連動して動作し、ネットで使えるものとなっております。

（受信トレイ内のメールを自動取り込み。送信されたメールは自動的にデータベースに保存）

　メリットの一つは、携帯電話（i-mode, J-Sky, EZ Web）からもデータの検索、メールのチェックが出来る機能ですかね。

　ただフルに機能を使うためには、「知子の情報HomeServer」とあわせて使うことが条件となります。（とりあえずこの製品にはHomeServer１年間無料使用権が付いてきますが）

　一度テグレットのサイトをごらんになってみてください。

ちょっと高額ですが600万～

受信だけならこれでもいいかも？