javaはＩＥ上でしか動かないのでしょうか。動きのあるサイトはフラッシュを使った方がいいのでしょうか。。

JavaとJavaScriptを混同されていると思います。

Flashを使った方がいいかどうかはケース・バイ・ケースではないでしょうか。

SunのJREがユーザーのコンピュータにインストールされていれば動きます。フラッシュもいいですが、javascriptという手もあります。

優劣はそれぞれ長所短所があるので、目的別と好みの問題ではないでしょうか。たしかにポータビリティはフラッシュが比較的高いような気はしますが、それほど大きな差があるわけではありません。